A. 核糖体如何识别RNA起始密码子和终止密码子
在原核生物中，mRNA5’端含有一段特殊的核苷酸序列，称为SD序列，用于mRNA与核糖体小亚基的结合，然后携带其实氨基酸的tRNA与小亚基结合，最后大小亚基结合，起始复合物形成，接着是肽链的延伸阶段
在真核生物中，先由携带起始氨基酸tRNA与核糖体结合，mRNA再进入核糖体，真核mRNA由于没有SD序列，与小亚基的结合依赖于帽子结构
B. 什么是碱基RNA是如何配对的呢
在脱氧核糖核酸和核糖核酸中，起配对作用的部分是含氮碱基。5种碱基都是杂环化合物，氮原子位于环上或取代氨基上，其中一部分（取代氨基，以及嘌呤环的1位氮、嘧啶环的3位氮）直接参与碱基配对。
碱基共有5种：胞嘧啶（缩写作C）、鸟嘌呤（G）、腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T，DNA专有）和尿嘧啶（U，RNA专有）。顾名思义，5种碱基中，腺嘌呤和鸟嘌呤属于嘌呤族（缩写作R），它们具有双环结构。胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶属于嘧啶族（Y），它们的环系是一个六元杂环。RNA中，尿嘧啶取代了胸腺嘧啶的位置。值得注意的是，胸腺嘧啶比尿嘧啶多一个5位甲基，这个甲基增大了遗传的准确性。
碱基通过共价键与核糖或脱氧核糖的1位碳原子相连而形成的化合物叫核苷。核苷再与磷酸结合就形成核苷酸，磷酸基接在五碳糖的5位碳原子上。
碱基: 腺嘌呤 - 胸腺嘧啶 - 尿嘧啶 - 鸟嘌呤 - 胞嘧啶 - 嘌呤 - 嘧啶
核苷: 腺苷 - 尿苷 - 鸟苷 - 胞苷 - 脱氧腺苷 - 胸苷 - 脱氧鸟苷 - 脱氧胞苷
核糖核苷酸: AMP - UMP - GMP - CMP - ADP - UDP - GDP - CDP - ATP - UTP - GTP - CTP - cAMP - cGMP
脱氧核苷酸: dAMP - dTMP - dUMP - dGMP - dCMP - dADP - dTDP - dUDP - dGDP - dCDP - dATP - dTTP - dUTP - dGTP - dCTP
核酸: DNA - RNA - LNA - PNA - mRNA - ncRNA - miRNA - rRNA - shRNA - siRNA - tRNA - mtDNA - Oligonucleotide
核糖核酸（缩写为RNA，即Ribonucleic Acid)，存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。
RNA由核糖核苷酸经磷酯键缩合而成长链状分子。一个核糖核苷酸分子由磷酸，核糖和碱基构成。RNA的碱基主要有4种，即A腺嘌呤，G鸟嘌呤，C胞嘧啶，U尿嘧啶。其中，U（尿嘧啶）取代了DNA中的T胸腺嘧啶而成为RNA的特征碱基。
与DNA不同，RNA一般为单链长分子，不形成双螺旋结构，但是很多RNA也需要通过碱基配对原则形成一定的二级结构乃至三级结构来行使生物学功能。RNA的碱基配对规则基本和DNA相同，不过除了A-U、G-C配对外，G-U也可以配对。
在细胞中，根据结构功能的不同，RNA主要分三类，即tRNA（转运RNA）, rRNA（核糖体RNA）, mRNA（信使RNA）。mRNA是合成蛋白质的模板，内容按照细胞核中的DNA所转录；tRNA是mRNA上碱基序列（即遗传密码子）的识别者和氨基酸的转运者；rRNA是组成核糖体的组分，是蛋白质合成的工作场所。
在病毒方面，很多病毒只以RNA作为其唯一的遗传信息载体（有别于细胞生物普遍用双链DNA作载体）。
1982年以来，研究表明，不少RNA，如I、II型内含子，RNase P，HDV，核糖体大亚基RNA等等有催化生化反应过程的活性，即具有酶的活性，这类RNA被称为核酶（ribozyme）。
20世纪90年代以来，又发现了RNAi（RNA interference，RNA干扰）等等现象，证明RNA在基因表达调控中起到重要作用。
C. r rna和mrna的区别
RNA（核糖核酸），存在于生物细胞以及部分病毒、类病毒中的遗传信息载体。RNA由核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。一个核糖核苷酸分子由磷酸，核糖和碱基构成。RNA大体可以分为三类mRNA(信使RNA)、rRNA(核糖体RNA)、tRNA(转运RNA)。
mRNA tRNA rRNA的区别：
1、功能不同：
rRNA是组成核糖体的主要成分。核糖体是合成蛋白质的工厂。rRNA一般与核糖体蛋白质结合在一起，形成核糖体（ribosome）。
tRNA是分子最小的RNA，又称转运RNA。如果说mRNA是合成蛋白质的蓝图，则核糖体是合成蛋白质的工厂。tRNA把氨基酸搬运到核糖体上，tRNA能根据mRNA的遗传密码，依次准确地将它携带的氨基酸，掺入正在合成的肽链中，实现肽链的延伸。
mRNA功能是在蛋白分子合成过程中，作为“信使”分子，将基因组DNA的遗传信息（即碱基排列顺序）传递至核糖体，使核糖体能够以其碱基排列顺序掺入互补配对的tRNA分子，进而合成正确的肽链，实现遗传信息向蛋白质分子的转化。
2、细胞中的含量不同：
在大肠杆菌中，rRNA量占细胞总RNA量的75%～85%，而tRNA占15%，mRNA仅占3～5%。在真核生物中，转录形成的前体RNA中含有大量非编码序列，大约只有25%序列经加工成为mRNA，最后翻译为蛋白质。
(3)r语言怎样查看rna的密码子扩展阅读：
RNA的组成结构：
与DNA不同，RNA一般为单链长分子，不形成双螺旋结构，但是很多RNA也需要通过碱基配对原则形成一定的二级结构乃至三级结构来行使生物学功能。RNA的碱基配对规则基本和DNA相同，不过除了A-U、G-C配对外，G-U也可以配对。
在病毒方面，很多病毒只以RNA作为其唯一的遗传信息载体（有别于细胞生物普遍用双链DNA作载体）。细胞中还有许多种类和功能不一的小型RNA，像是组成剪接体（spliceosome）的snRNA，负责rRNA成型的snoRNA，以及参与RNAi作用的miRNA与siRNA等，可调节基因表达。
而其他如I、II型内含子、RNase P、HDV、核糖体RNA等等都有催化生化反应过程的活性，即具有酶的活性，这类RNA被称为核酶。
D. 怎么用r语言分析rnaseq数据
seq函数是产生序列用的他的用法是seq(from,to,by)或者是seq（下界，by=，length=） 下面是用r运行的结果 seq(2,6,2) [1] 2 4 6 seq(10,by=2,length=5) [1] 10 12 14 16 18
E. tRNA的DHU环,TψC环与反密码环各有什么作用
左环是二氢尿嘧啶环(d环)，它与氨基酰-trna合成酶的结合有关。右环是假尿嘧啶环(tψc环)，它与核糖体的结合有关。在反密码子与假尿嘧啶环之间的是可变环，它的大小决定着trna分子大小。
转运RNA（Transfer RNA），又称传送核糖核酸、转移核糖核酸，通常简称为tRNA，是一种由76-90个核苷酸所组成的RNA，其3'端可以在氨酰-tRNA合成酶催化之下，接附特定种类的氨基酸。
结构
1、一级结构
自1965年R．W．霍利等首次测出酵母丙氨酸tRNA的一级结构即核苷酸排列顺序到1983年已有200多个tRNA（包括不同生物来源、不同器官、细胞器的同功受体tRNA以及校正tRNA）的一级结构被阐明。按照A－U、G－C以及G－U碱基配对原则。
2、二级结构
它由3个环，即D环〔因该处二氢尿苷酸（D）含量高〕、反密码环（该环中部为反密码子）和TΨC环〔因绝大多数tRNA在该处含胸苷酸（T）、假尿苷酸（Ψ）、胞苷酸（C）顺序〕，四个茎。
即D茎（与D环联接的茎）、反密码茎（与反密码环联接）、TΨC茎（与 TΨC环联接）和氨基酸接受茎〔也叫CCA茎，因所有tRNA的分子末端均含胞苷酸（C）、胞苷酸（C）、腺苷酸（A）顺序， CCA是连接氨基酸所不可缺少的〕，以及位于反密码茎与TΨC茎之间的可变臂构成。
F. RNA关系，高中生物，mtrRNA上分别是密码子还是反密码子，tRNA后怎么表达，蛋白质在哪合成，t与r什么关系
先解释r、m、t
1.rRNA是构成核糖体的主要成份，为合成蛋白质提供场所。
2.mRNA是转录RNA，带有遗传信息，其上相临三个碱基为一个密码子。
3.tRNA是运输RNA，是将合成蛋白质的原料运输至核糖体的物质，每个tRNA上只有三个碱基，称反密码子。
相互关系：mRNA在细胞核内从遗传物中获得遗传信息后，从核孔穿出，来到由rRNA构成的核糖体，再由tRNA提供合成原料，来进行合成蛋白质（蛋白质在核糖体中合成），转录是在核内，合成是在核外，tRNA在核外。
G. 密码子、反密码子、trna有什么关系
1、mRNA上3个相邻的碱基叫密码子,tRNA上的与mRNA 互补配对的叫翻译密码子,密码子与反密码子碱基互补配对；
2、mRNA是从细胞核进入细胞质,携带遗传信息的；
3、tRNA 是在细胞核中根据mRNA上的信息像核糖体搬运氨基酸的；
4、蛋白质合成的场所在细胞质的核糖体中.
H. RNA是什么， r RNA是什么 ，
1、核糖核酸（英语：Ribonucleic acid），简称RNA，是一类由核糖核苷酸通过3',5'-磷酸二酯键聚合而成的线性大分子。
自然界中的RNA通常是单链的，且RNA中最基本的四种碱基为A（腺嘌呤）、U（尿嘧啶）、G（鸟嘌呤）、C（胞嘧啶），相对的，与RNA同为核酸的DNA通常是双链分子，且含有的含氮碱基为A（腺嘌呤）、T（胸腺嘧啶）、G（鸟嘌呤）、C（胞嘧啶）四种。
2、核糖体RNA（ribosomalRNA,rRNA）是生物细胞中主要的核糖核酸之一，是一种具有催化能力的核糖酶，但其单独存在时不能如其他核糖核酸那样发挥作用，仅在与多种核糖体蛋白质共同构成核糖体（一种无膜细胞器）后才能执行其功能。
rRNA在翻译过程中作为肽酰转移酶催化多肽（包括蛋白质）中氨基酸之间肽键的形成。rRNA是单链RNA，但通过折叠形成了广泛的双链区域。
(8)r语言怎样查看rna的密码子扩展阅读：
RNA的分子结构与DNA非常相似，但是，两者有以下三个主要不同点：
1、与通常是双链的DNA不同，RNA通常是单链的，而且长度一般比DNA短得多。不过，单链RNA可以通过折叠形成双链接构（这样的双链接构亦被称为“茎”），tRNA中即有这样的结构。
2、DNA中的戊糖为脱氧核糖，而RNA中的戊糖为核糖，其区别在于，脱氧核糖的2位碳上连接的是氢原子，而核糖的2位碳上连接的是羟基）。2位碳上的羟基降低了RNA的稳定性，因为它使得RNA更易被水解。
3、在DNA中，与腺嘌呤（A）互补的含氮碱基是胸腺嘧啶（T），而在RNA中，与腺嘌呤（A）互补的含氮碱基是尿嘧啶（U），它比胸腺嘧啶少了一个甲基。
I. 怎么才能查看R语言某个包某函数源码
如果是程序包中自己带的函数，可用以下操作：
https://cran.r-project.org/
点击左侧Packages
点击中间Table of available packages, sorted by date of publication链接，进入包的列表界面
ctrl+F组合键在网页中搜索你关心的R包，例如包WGCNA，点击进入此R包主界面
点击Downloads下面的Packagesource:
WGCNA_1.51.tar.gz解压此包，然后找到里面名字为R的文件夹，里面都是R语言包中包含的R的函数的代码
如果是在bioconctor中的包，可以在bioconctor官网中搜索此R包，进入此包界面，下载.tar.gz的这个文件,寻找方法如上.
J. mRNA, tRNA, r RNA 在遗传信息的传递过程中分别起什么作用
mRNA：携带遗传信息，在蛋白质合成时充当模板的RNA。
从脱氧核糖核酸（DNA）转录合成的带有遗传信息的一类单链核糖核酸（RNA）。它在核糖体上作为蛋白质合成的模板，决定肽链的氨基酸排列顺序。mRNA存在于原核生物和真核生物的细胞质及真核细胞的某些细胞器（如线粒体和叶绿体）中。tRNA（又叫转运RNA）约含70~100个核苷酸残基，是分子量最小的RNA，占RNA总量的16%，现已发现有100多种。tRNA的主要生物学功能是转运活化了的氨基酸，参与蛋白质的生物合成。核糖体RNA：即rRNA，是最多的一类RNA，也是3类RNA（tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大的一类RNA，它与蛋白质结合而形成核糖体，其功能是作为mRNA的支架，使mRNA分子在其上展开，实现蛋白质的合成。rRNA占整个RNA的82％左右。